心身疾病的治疗应强调综合性治疗原则，即在原发病躯体治疗的同时兼顾心理、行为等方面的治疗。原发病的躯体治疗主要目的是控制或解除症状，如溃疡病的抗酸治疗。要巩固心身疾病的治疗，减少心身疾病的复发，如果结合心理治疗与必要得精神药物治疗，常常可以获得更为全面的疗效。心身疾病的治疗方式包括心理治疗、药物治疗、其他治疗。
心理治疗
在心身疾病的治疗中，心理治疗应作为一种主要的疗法贯穿始终，帮助患者改变对疾病的不正确态度，并动员家属和有关方面共同配合治疗。常用的有行为治疗和认知行为治疗等。如系统脱敏治疗，即利用交互抑制和消退原理，将单个能引起明显焦虑的刺激，划分为若干由低到高不同等级只能引起微弱焦虑的刺激，将刺激反复暴露在患者面前，同时利用生物反馈方法训练患者放松，从而使刺激渐渐失去引起焦虑的作用。用来治疗高血压、溃疡病、偏头痛、支气管哮喘等心身疾病。认知行为治疗则是消除患者不恰当的错误认知，重建合理认知，从而缓解或消除患者抑郁等不良情绪，适合各种心身疾病的治疗。
药物治疗
药物的合理利用可以为心理治疗创造条件，对提高患者的生活质量起到重要作用。
1、西医治疗
除了对各种具体患病器官的对症治疗外，大部分心身疾病患者是适用抗焦虑及抗抑郁药物治疗的，以控制患者的不良情绪为主要目的。目前临床上被广泛应用的抗焦虑药物有：丁螺环酮、苯二氮窧类，抗抑郁药物如帕罗西汀、舍曲林、氟西汀、文拉法辛、米氮平等。自主神经功能失调的患者，可服用谷维素以调节脑功能。对于难治的病例也可以在抗抑郁药的基础上，合用小剂量抗精神病药，无利培酮、奥氮平或喹硫平。
2、中医治疗
由于中医强调整体观念，对心身疾病特别适用。临床资料表明，小柴胡汤、龙骨牡蛎汤、半夏厚补汤、承气汤、甘麦大枣汤、逍遥散、建宁汤等常用方剂，对精神因素引起的躯体病理反应者有良好效果。为了能使用得当，必须根据中医辨证施治的原则，有针对性地使用。针灸对消除症状可取得立竿见影的疗效，但应循证取穴，配合电刺激以增强效果。
其他治疗
此外，还有松弛训练以及理疗、水疗、体疗、气功、太极拳、催眠和暗示治疗、道家认知治疗等，对心身疾病均有一定疗效。
